Si nos paramos a pensar, todo lo que somos acaba en el retrete. Si, suena… “complejo”, pero pensémoslo en serio. En un mundo en el que un virus nos rodea, generando infecciones en muchos casos asintomáticas, cabría preguntarse si nuestros desechos orgánicos podrían reflejar dichas infecciones. En efecto, así es. La búsqueda de variantes de COVID en aguas residuales ha llevado al hallazgo de que pueden detectarse nuevas variantes semanas antes de que aparezcan en las pruebas clínicas de los hospitales. De modo que detectar las cepas de coronavirus que circulan en las aguas residuales de una comunidad, podría convertirse en un sistema de alerta temprana.
Secuenciación combinada con detección de cantidades mínimas de coronavirus
Ya en plena pandemia se observó que los datos de aguas residuales eran capaces de anticiparse a las distintas olas de infección que sufrimos. Un estudio recientemente publicado en la prestigiosa revista Nature muestra que la técnica podría usarse para rastrear variantes emergentes y acelerar la respuesta de salud pública. Así, cuando llegara la próxima cepa, podríamos estar listos para ella.
Distintos grupos de investigación de todo el mundo han utilizado la vigilancia de aguas residuales para rastrear el SARS-CoV-2. Si bien, estos enfoques generalmente detectan solo la presencia y la cantidad del virus. Estos datos se usaron para estimar la cantidad de transmisión en una comunidad. Pero para identificar variantes circulantes y su frecuencia, se necesitan datos de muy alta calidad, obtener material genético muy bien conservado. Pero claro, desde aguas residuales.
Para lograr material genético de alta calidad, el método se basa en la utilización nanoesferas para aumentar la cantidad de ARN viral que se puede secuenciar a partir de una muestra de aguas residuales. Las técnicas anteriores permitían secuenciar hasta el 40 % del ARN viral en una muestra, mientras que el método de nanoesferas permite secuenciar casi el 95 %. De esta forma, la identificación de variantes es muy fiable.
Cuestión de tiempo entre aguas residuales
Para probar su método, los autores del trabajo pasaron casi un año recolectando muestras de una planta de tratamiento de aguas residuales en San Diego, en Estados Unidos, que trata las aguas residuales de alrededor de 2,3 millones de personas. La recopilación de datos comenzó en febrero de 2021. También recolectaron aguas residuales de pozos de mantenimiento y tuberías de aguas residuales en más de 130 sitios diferentes durante 10 meses.
Aplicando su método, detectaron las variantes alfa y delta del coronavirus en las aguas residuales hasta dos semanas antes de que las cepas fueran detectadas mediante muestras y pruebas a personas en clínicas. También detectaron Omicron aproximadamente diez días antes de que la primera persona diera positivo en San Diego, y descubrieron el aumento de la variante BA.1 de Omicron en la población.
En uno de los puntos de muestreo, detectaron constantemente variantes Alpha, Delta y una variante menos conocida, Epsilon, que se encontraba principalmente en los Estados Unidos. Esto fue sorprendente porque hubo semanas durante las cuales esas variantes casi habían desaparecido de la vigilancia clínica. Sin embargo, los datos en aguas residuales se acababan corroborando en muestras clínicas semanas después.
Variantes COVID en aguas residuales
¿Y las variantes más modernas?
Lo que aún no está claro es si la técnica funcionará para rastrear las variantes Omicron BA.4 y BA.5 de rápida propagación, que han sido difíciles de distinguir entre sí. Los autores del trabajo indican que han podido distinguir entre las dos variantes en un muestreo más reciente, pero esos datos aún no están publicados.
La perspectiva de un sistema de alerta temprana para variantes específicas aún podría estar lejos, dado que lleva cerca de dos semanas procesar los resultados después de recopilar una muestra. Y es que, si se desea hacer que una herramienta sea realmente útil para la salud pública, tiene que devolver el resultado en cuestión de días. Si bien, el equipo autor de este trabajo ha logrado acortar el tiempo que lleva secuenciar las muestras, de semanas a días, lo que representa un cambio en las reglas del juego.
De nuevo, tenemos aquí un ejemplo de como la ciencia, con sus tiempos, acaba llegando a objetivos nunca antes pensados. Otro ejemplo más.
Fuente: Nature.
Autor: CArlos del Fresno, @arlosdel
